Philipps começou sua carreira no piloto do seriado Saving Grace, que acabou não sendo comprado por nenhuma emissora. Pouco depois, ela foi escalada em Freaks and Geeks como Kim Kelly, apesar de originalmente ter feito teste para o papel de Lindsay Weir, que acabou por ser interpretada por Linda Cardellini.

Com o cancelamento do seriado em 2000, após dezoito episódios, Busy participou de vários filmes e seriados, incluindo Malcolm in the Middle, Dead Last e The Smokers, até que entrou para o elenco recorrente de Dawson's Creek interpretando a personagem Audrey Liddell. Na última temporada, a atriz ainda se tornaria integrante do elenco regular, antes do cancelamento da série, em 2003, e por sua exposição na série, seria escolhida pela Maxim como a 58ª mulher mais sexy do ano de 2001.

No ano seguinte, Philipps participou de White Chicks, um dos filmes mais populares dos Irmãos Wayans, como a jovem Karen. Ela também seguiu fazendo participações em episódios de séries de televisão, e estreou como dubladora no episódio Girl Trouble de Super Robot Monkey Team Hyperforce Go!.

Em 2005, Philipps foi escolhida para substituir Shannen Doherty no seriado Love, Inc. da rede UPN, já que Doherty havia abandonado o programa logo depois de ele ser comprado pela emissora. Ela permaneceu do começo ao fim no seriado, que foi cancelado em 2006, em virtude da fusão da UPN com a The WB na nova rede The CW.

No mesmo ano, Busy conseguiu um papel recorrente em ER como a enfermeira Hope Bobeck, interesse amoroso do Dr. Archie Morris, interpretado por Scott Grimes. No segundo episódio da 14ª temporada, sua personagem deixou o hospital para participar de uma cruzada internacional na América do Sul.

Em 2008, a atriz pôde ser vista no filme Made of Honor, e em virtude de sua gravidez, teve de recusar outros trabalhos.