No final da 1ª temporada Olivia fez uma viagem intrigante a um universo paralelo para se encontrar com o fundador da Massive Dynamic, William. A 2ª temporada começa com a sua volta chocante dessa realidade alternativa, enquanto Peter, sem saber que está numa corrida contra o tempo, busca informações sobre a visita de Olivia. Walter volta ao laboratório para continuar suas pesquisas sobre os eventos estranhos que andam ocorrendo.