Nació en Cali en el año de 1944 y desde los 4 años vive en Bogotá, siendo muy niño sintió atracción hacia los temas de muerte y temor. Estudió Ingeniería electrónica. Estando en México, trabajando para la empresa norteamericana Burroughs, conoce los estudios Churubusco donde conoce a las estrellas del cine mexicano de los 60´s forja amistades con varias personalidades del cine Mexicano y conoce de primera mano toda la parte técnica y artística del cine de aquella época, decide regresar a Colombia y hacer cine, su primer cortometraje en blanco y negro fue "Que mago" donde encontramos efectos especiales. Realizando esta película Pinilla comienza a poner en práctica sus ideas, sus dos primeros largometrajes fueron: Funeral siniestro y 27 horas con la muerte que son las primeras películas del género del terror y el suspenso en Colombia, también grabó una película de aventura y suspenso con efectos especiales: "Triángulo de Oro - La isla fantasma" rodada en locaciones internacionales (Panamá), en alta mar, doblada al inglés y escenas de pelea con artes marciales. Sobre regresiones e historias de terror psicológico: Extraña regresión, ha realizado varios cortos del género comedia como "Un gallinazo sin suerte" y comedia de suspenso como "Robo macabro", incursionó en el genero documental con "El milagro de Chiquinquirá" "Funerales de Gustavo Rojas Pinilla".

Su estilo se caracteriza por tomar actores desconocidos para evitar que el ego de los actores profesionales se interponga en la historia y también para que el público no se identifique con un actor o con otro de sus personajes, mejorando la visión de la película. Es un rasgo característico incluir cameos de sí mismo en sus propias películas, otra característica es la de doblar los diálogos en todas sus producciones argumentales.

La revista española "Zona de Obras" lanzó en su Número 49 del 2008 una sección dedicada al cine Iberoamericano con una entrevista a Jairo Pinilla que incluía "27 horas con la muerte por primera vez en DVD la mítica pelicula del director colombiano Jairo Pinilla".

Fue el invitado de honor en la edición 46 del Festival Internacional de Cine Fantástico de Catalunya SITGES 2013, en la sección Brigadoon en colaboración con el festival de cine Colombiano Zinema Zombi Fest permitió presentar una retrospectiva de las películas de Jairo Pinilla representando a Colombia en el Género del terror y el suspenso.