Dois anos e meio se passaram após a partida de Uzumaki Naruto e Jiraiya da vila de Konoha, para um treinamento a parte com Naruto. Logo ao volta a vila os primeiros a encontrá-lo foi Sakura e Konohamaru. Agora Naruto e seus amigos não tem apenas que se preocupar com o resgate de Sasuke, mas também com uma organização chamada Akatsuki, que está atrás dos Jinchuuriki(ninjas que carregam um Bijuu em seu corpo).
Episódios:
A Barreira do Selamento - 103
Quebrando o Shoton – 104
A Batalha Sobre a Barreira! - 105
As Camélias Vermelhas - 106
Um Estranho Amigo! - 107
As Diretrizes de Uma Camélia. - 108
Nome: O Contra-Ataque do Selo! - 109
Memorias de Culpa - 110
A Promessa Quebrada! - 111
O Lugar Para Onde Retornar - 112
O Discipulo da Grande Serpente! - 113
Os Olhos de um Falcão - 114
A Espada de Zabuza! - 115
O Guardião da Parede de Ferro - 116
Juugo do Esconderijo do Norte! - 117
Formação - 118
Kakashi Gaiden - 119/120
Aqueles que se Movem! - 121
Caçada! - 122
Choque! - 123
Arte! - 124
Desaparecimento. - 125
Crepúsculo - 126
As Crônicas Ninjas de Jiraiya (parte 1) - 127
As Crônicas Ninjas de Jiraiya (parte2) - 128
Fonte dos Episódios: Wikipédia