Os Ninningers se deparam com um novo inimigo, Dark Doctor Mavro, um ex-remanescente do Evil Army Shadow Line, que criou sua própria versão maligna de AkaNinger chamada "Dark AkaNinger", servindo sob seu comando roubando a nintalidade do verdadeiro AkaNinger, e por causa disso, a vida de Takaharu está agora em perigo. Toda esperança parece perdida até que os Ninningers encontram os ToQgers, que lutaram e derrotaram a Shadow Line no passado, e cabe a eles unir forças para superar esta nova crise.