À luz do Acordo de Sokovia, e com a Hydra obliterada, a S.H.I.E.L.D. foi novamente legitimada e já não precisa operar nas sombras. Com o mundo acreditando que Coulson está morto, a organização precisa de um novo Diretor para ser o seu rosto. Coulson encontra-se novamente no papel de agente, e une-se a Mack, para juntos rastrearem e confirmarem a presença de pessoas aprimoradas, ou Inumanos. A agente May é encarregada de treinar equipes de emergência, Fitz e Simmons dão um grande passo em sua relação, e com a chegada do Motoqueiro Fantasma a S.H.I.E.L.D. nunca mais será a mesma.