A estória de Aquarion Evol passará 12000 anos após a primeira série de televisão Aquarion em um cidade feita aos moldes de Hong Kong. Um novo elenco de personagens, pilotado um novo robô Aquarion, irá lutar contra inimigos de outra dimensão. Kawamori insinuou que os personagens podem ser reencarnações de Apollo, Silvia e outros personagens da primeira série.