Harper nasceu em La Jolla, Califórnia. Ele começou a dançar e atuar aos 9 anos de idade e estava envolvido no teatro da comunidade e na competição de dança. Ele também começou a cantar e tocar violão e piano com a mesma idade. Harper é bem treinado em ballet, hip-hop, lírico, jazz e torneira. Na primavera de 2006, um agente de talentos no júri de um concurso de danças regionais ofereceu à Harper uma representação na agência. Ele também estudou artes marciais desde os quatro anos até que aos doze anos obteve uma faixa preta em Karate.
Cantando na igreja toda a sua vida, Harper continuou a cultivar seu amor pela música. A família de Harper mudou-se de San Diego, para Orange County, em 1998. Harper tem uma irmã mais velha, Samantha, também uma dançarina profissional, e um irmão mais novo, Sullivan, um modelo. Harper está namorando a também atriz e cantora Bridgit Mendler, sua co-estrela na série Good Luck Charlie. Quando Bridgit foi perguntada: "Será que Spencer de Good Luck Charlie?" Que ela está namorando. Ela respondeu: "Não foi um daqueles ..."você se encontra em um conjunto e data instantaneamente", que levou dois anos".