Muitas surpresas aguardam as Tartarugas Ninja nesta terceira temporada. Baxter Stockman continua vivo. Couraça e o Professor Honeycutt regressam dos mortos... e Shredder tornou-se uma figura pública, um homem de negócios que começa a cair nas boas graças de Nova Iorque. Ainda por cima, surge um novo e poderoso inimigo sob a forma do Agente Bishop, um homem misterioso com ordens para recolher material genético das Tartarugas e do Mestre Splinter. À medida que o plano final de Shredder se torna cada vez mais evidente, também a batalha final entre as Tartarugas Ninja e o seu mortífero adversário se aproxima cada vez, e nem a interferência de Bishop pode impedir que um derradeiro combate tenha lugar, desta vez para impedir que Shredder regresse ao planeta Utrom e espalhe o seu terror por entre as estrelas!