Eventos estranhos estão ocorrendo em Nova York, sombras se movem rapidamente, estrelas se alinham de forma estranha e criaturas atacam à noite. A cidade precisa das Tartarugas mais do que nunca, mas elas estão em seu pior momento como heróis e como família. Enquanto Leonardo esteve fora em uma missão de treinamento especial, seus irmãos Michelangelo, Donatello e Raphael ficaram perdidos e sem orientação. Com a cidade e a sua família em jogo, está nas mãos de Leonardo e do Mestre Splinter restaurar a união e a disciplina das Tartarugas Ninjas.