Em um dia comum, estranhas cartas começaram a cair do céu, contendo pequenas esferas que se abrem mostrando suas verdadeiras formas, enormes criaturas chamadas Bakugans. Sem saber a verdade, dois jovens, Daniel "Dan" Kuso e Shun Kazami usaram as cartas e as esferas para inventar um jogo com o mesmo nome dos monstros. Ao lado de seus outros amigos, Runo Misaki, Marucho Marukura, Julie Makimoto e Alice Gehabich, os seis formaram um grupo chamado Guerreiros da Batalha.
Do outro lado da história, é revelado que os Bakugans são seres reais, habitantes de uma dimensão chamada Vestróia. Quando um Bakugan chamado Naga quebra o equilíbrio harmônico de Vestróia, ela e o mundo humano começam a se fundir, daí o motivo do surgimento dos Bakugans no mundo humano. Contudo, um grupo de Bakugans, composto por Drago, Tigrerra, Preyas, Gorem e Skyress decide lutar pelo equilíbrio de sua dimensão. Eles se aliam aos Guerreiros da Batalha e sua missão é combater Naga e seus subordinados, Mascarado e Hydranoid.