Dois anos após o fim da série Soukyuu no Fafner , Tatsumiya Island e seus moradores sobreviventes voltaram a alguma aparência de recuperação. No entanto , as coisas tornaram-se desesperadas para o nosso herói , Kazuki ; quase cego agora, e parcialmente aleijado de suas batalhas com os Festum dois anos antes , ele se apega à promessa de seu amigo caído Soushi para voltar para a ilha e acertar as coisas novamente. As esperanças de Kazuki incendeiam quando uma forma de vida é detectada dentro de um submarino não-tripulado que vem flutuando em Tatsumiya Bay uma noite, mas a pessoa a bordo não é Soushi ; é um " menino " misterioso chamada Misao Kurusu que podem não ser totalmente humano , e que afirma ter sido enviado por Soushi . Com a chegada de Misao , as hostilidades voltam de novo entre o Exército Humano e o Festum , e os pilotos Fafner são jogados na batalha mais desesperada de suas vidas - desta vez , com o destino de duas raças em seus ombros.