A história é dividida em duas partes. Na Holanda em 1853, e no arquipélago de ilhas em 2012.
Na Holanda, o grupo persegue um garoto do grupo que se recusa a seguir viagem com eles. O mesmo garoto aparece depois com um conhecimento cietífico bem avançado, mesmo ele sendo apenas uma criança. O grupo finalmente chega ao destino : uma artista que infelizmente já está morta. E com ela encontram outro garoto que jura impedi-los.
No arquipélago, Chitto e Helga aparecem tentando fugir de um orfanato, e são ajudados por Thoma. Helga mostra a Thoma as pinturas que ela faz há muito tempo. E essas pinturas são as mesmas que a pintora da Holanda de 1853 fazia.
Parece que as "Crianças de Béfort" vão querer ir atrás de Helga. Mas como Helga pode desenhar essas pinturas que ela nunca viu? São mistérios que só podem ser descobertos vendo o anime.