A história de “border: 2 Ghost Whispers” acontece logo depois de Motoko ganhar sua liberdade ao separar-se da 51ª Unidade Secreta do exército. Mesmo sem a sugestão de Aramaki de ter sua uma unidade própria, Motoko começa a reunir membros para sua própria unidade. No decorrer da história, alguém hackeia o Logicoma. Enquanto ela carrega as máquinas para verificá-las em busca de anormalidades, ela é atacada por uma unidade armada. Não muito depois disso, ela se encontra com Batou, o homem com o “olho que nunca dorme”, Ishikawa, um ex-membro do exército o qual é especializado em obter informações através da internet e Borma, uma especialista em guerra eletrônica.