Gintoki Sakata está vários anos no futuro, onde Edo foi destruída. Na cidade, Gintoki reúne versões antigas de seus companheiros, Kagura e Shinpachi Shimura. Gintoki se opõe principalmente por um grupo de feiticeiros conhecido como Enmi. Em toda a sua jornada Gintoki também está definido para enfrentar o seu próprio passado de guerra e o Diabo, como um inimigo.