A história gira em torno de um estudante chamado Ryota Murakami, que não consegue esquecer uma amiga de infância que ele deixou morrer em um acidente. Sentindo que deve cumprir sua promessa de provar a existência de alienígenas, ele frequentemente observa o céu como um membro do clube de astronomia. Um dia, uma menina chamada Neko Kuroha, que se parece bastante com a amiga de infância de Ryota, é transferida para sua escola. Ela então se revela como uma usuária de magia que fugiu de um laboratório de pesquisa.

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