O filme da série apresenta uma realidade alternativa ocorrida após a queda do meteoro que destruiu Shibuya: o mundo virou um grande deserto onde as pessoas precisam matar por água. A ZECT provê a água para as pessoas. Porém, a Neo ZECT liderada por Kamen Rider Hercus e Kamen Rider Drake, consegue uma nova arma na ajuda contra a ZECT: seu nome é Tendou Souji. Mas com a aparição do Kamen Rider Caucasus, o possuidor do Hyper Zecter, eles terão grandes problemas. Ao mesmo tempo, Kagami quer pedir Hiyori em casamento, mas quando esta prestes a fazê-lo, descobre que ela esta seriamente doente.
Ao final, é revelado que a realidade do filme efetivamente existiu, com o meteoro de Shibuya devastando toda a Terra. Assim, para prevenir que isso aconteça novamente, Kabuto utiliza o Hyper Zecter e volta para o passado, fazendo com que o segundo meteoro de sua realidade colida com o meteoro que cairia na Terra em 1999, gerando uma enorme explosão. O resultado é os meteoros originais em fragmentos, caindo no planeta e destruindo somente a cidade de Shibuya, situando a realidade da série. Em seguida, ao cair na Terra, Tendou encontra a si mesmo sete anos mais jovem tentando salvar Hiyori em meio ao caos e dá o cinto Rider a si mesmo, para que um dia se torne Kabuto, revelando o principal mistério da série.
Levando-se em conta o filme como um prólogo da série, é possível assumir que o Hyper Kabuto que aparece inicialmente na série seria o Tendou da realidade alternativa que acabou não acontecendo, mas que sobreviveu às viagens no tempo e fez um plano com o Tendou "atual" para salvar Hiyori da ZECT. Da mesma forma, o Hyper Zecter que Kabuto utiliza na série possivelmente é o pertencente ao Kabuto do futuro (já que o Zecter atual é destruído).