À medida que a guerra continua, Amuro e a tripulação da nave White Base devem fazer o seu caminho em direção a sede da Federação da Terra, Jaburo. No caminho, eles conhecerão vários novos inimigos e irão enfrentar o impossível. Eles lutam na Operação Odessa para livrar a Terra das garras das forças de Zeon.

Vidas são perdidas, novas amizades são feitas, e há descobertas em cada canto. Amuro logo descobrirá que ele possui os poderes dos misteriosos Newtypes.