A.D. 2015. Já se passaram quinze anos desde esse dia do ano 2000 quando morreram dois milhões de seres humanos devido ao Second Impact, uma catástrofe planetária que arrastou glaciares e submergiu uma enorme parte do planeta.

Hoje reina uma calma estranha sobre Tokyo-3.

A cidade está deserta: todos os habitantes foram convidados pelas forças da O.N.U. a se refugiarem nos abrigos.

As tropas cercam a cidade.

Por todo o lado batalhões armados com mísseis aguardam a ordem de ataque.

No quartel Geral da NERV, militares e cientistas esperam nervosamente pela confirmação do seu maior medo.

Shinji Ikari está sozinho na cidade à procura de uma Misato Katsuragi, membro da NERV.

De repente uma forma sombria e gigantesca emerge das aguas.

Os Anjos voltaram...