Uma nave de pesquisa do distante planeta Gailar chamada Gelmos, executava uma grande expedição pelo espaço, quando teve de fazer uma aterrissagem forçada na Terra, por problemas técnicos.

Com dificuldades em voltar ao seu planeta, a tripulação opta por hibernar, enquanto espera pelo resgate.

Testes nucleares realizados pelos humanos, danificam os equipamentos da nave e suspende a animação suspensa da tripulação.

Sem poder hibernar novamente e ainda impossibilitados de retornar ao seu planeta, o então Imperador Geldon, constrói uma base alienígena no Pólo-Norte, com vistas a facilitar os planos de conquista da Terra, começando pelo Japão.

Geldon mata o comandante da nave, contrário aos seus planos e prende o Prof. Yan, um brilhante cientista gailariano, construtor de aeronaves.

Yan também era contrário aos planos de Geldon, que prometeu soltá-lo em troca da construção de uma poderosa nave de guerra a ser usada na invasão do Japão.

O Prof. Yan desenvolve uma supernave bombardeiro, chamada Pirata do Espaço.

Mas na verdade, ele não planejava entregá-la a Geldon e sim fugir com sua filha Rita, na própria nave.

Os soldados do império Gailar o atacam e Rita foge sozinha para o Japão a pedido do pai, que é atingido por um tiro.

Rita, acaba caindo com o "Pirata", numa ilha que abriga a base área Akane.

O professor Tobishima, chefe da base, e Joe Kaiasaka, um piloto de sua equipe, vão investigar a nave caída, onde encontram Rita sangrando.

Após isso, Rita passa a fazer parte da equipe que irá ajudá-la na batalha contra os ataques do Império Gailar.

Uma base secreta é construída, onde abriga o Pirata do Espaço, pilotado agora por Joe, ao lado de Rita.

Com isso, Rita também passa a viver um grande dilema, tendo que lutar contra o seu povo e matar pessoas que faziam parte de seu convívio familiar em Gailar.

Após sucessivas batalhas entre o Pirata do Espaço e os robôs-bombas inimigos, chega a batalha final, onde o Império Gailar é destruído e Rita reencontra seu pai (que era dado como morto).

O Pirata do Espaço foi um anime que fez parte da vida de toda uma geração de crianças dos anos 80.

Foi exibido pela primeira no Brasil entre 1983/85 pela Rede Manchete no programa "Clube da Criança", apresentado por Xuxa.

Em 1994, foi reprisado pela CNT no programa "Tudo por Brinquedo", apresentado por Mariane.

Na reprise, sofreu constantes cortes na abertura e encerramento, além dos episódios serem apresentados fora de seqüência.