Jason Bourne (Matt Damon) é um homem que vive sem país e sem passado após ter sido submetido a um treinamento brutal, ao qual não se lembra, por pessoas que não conhece. Ele é uma sofisticada arma humana, perseguida incessantemente pela CIA. Após sua última aparição ele decidiu sumir para sempre e esquecer a vida que lhe foi roubada. Entretanto uma matéria em um jornal de Londres, que especula sobre sua existência, faz com que ele torne-se mais uma vez um alvo. O programa Treadstone, que criou Bourne, já não existe mais, mas serviu de base para o programa Blackbriar, desenvolvido pelo Departamento de Defesa dos Estados Unidos. O Blackbriar desenvolve uma geração de novos matadores treinados secretamente pelo governo, que acredita que Bourne é uma ameaça de US$ 30 milhões que deve ser eliminada de uma vez por todas. Já Bourne vê neles uma oportunidade de descobrir quem realmente é e o que fizeram com ele.