Na nova temporada, as emoções dos irmãos estão cada vez mais a mostra. Alex e Justin encontram novos amores: Dean Moriarty e Julieta Van Heusten, respectivamente. A temporada ainda conta com uma novidade: Alex revela a Harper que é uma feiticeira. Os personagens da série cruzam com os das séries Zack & Cody: Gêmeos a Bordo e Hannah Montana nas duas primeiras partes do especial Feiticeiros a Bordo com Hannah Montana, e assim, contracenando com os gêmeos Dylan & Cole Sprouse, como Brenda Song, Debby Ryan e Phill Lewis.