Clark conhece sua prima Kara-El uma garota kryptoniana que foi enviada a Terra para salvar o bebê Kal-El enquanto namora com Lana, após o fim do casamento com Lex.

Este aperfeiçoa uma nova obsessão ao ser salvo por Kara enquanto Lois lida com uma competição jornalística contra sua prima graças ao mais novo editor do Planeta Diário.

Chloe não está pronta para aceitar o que realmente é e termina seu romance com Jimmy.

Aparições não faltam na temporada, tais como: Sasha Woodman, uma freak vista na 1ª temporada; Lara, a mãe de Clark; Zor-El, o pai de Kara; o retorno de Pete Ross; Dean Cain interpretando o psicótico Dr. Knox; a entrada da Canário Negro na Liga da Justiça; e a volta do Caçador de Marte, de Oliver Queen/Arqueiro Verde e do vilão Brainiac.

Lois descobre o segredo de Oliver (Arqueiro Verde), Chloe e Jimmy voltam a namorar, Lex vira o novo diretor do Planeta Diário.

Clark conhece Dax-Ur (o criador de Brainiac), enquanto Bizarro tenta conquistar o amor de Lana.

Surge a Kriptonita Azul, que anula os poderes de Clark, mas que pode ser mortal para Bizarro.

Descobrimos nessa temporada que Lionel, Dr. Swann e os pais de Oliver e de Jason formavam o grupo Veritas, que queria controlar o viajante (Clark), e que Lionel foi o responsável pela morte de todos os membros do grupo.

Quando Lex fica obcecado em descobrir onde se encontra o viajante, este mata Lionel em busca da chave para o viajante.

Clark encontra o último sobrevivente de Veritas, Edward Teague, que depois é morto por Brainiac, personificando Kara, que está presa na Zona Fantasma.

Brainiac deixa Lana e Chloe em coma, mas acaba ficando fraco e busca por energia.

Clark destrói Brainiac, salvando ambas.

Lana deixa Smallville para que Clark cumpra sua missão e Chloe é presa pelo Departamento de Segurança de Lex.

Clark vai em busca de Lex, que descobriu o segredo de Clark e a Fortaleza da Solidão.

Ao usar um dispositivo kryptoniano com a função de controlar Clark, Lex o derrota a acaba causando a destruição da Fortaleza e ambos ficam soterrados.