"1999 Nen No Natsu Yasumi" ou "Summer Vacation 1999" gira em torno de três estudantes de um escola apenas para garotos: Norio, Kazuhiko e Naoto. Como não possuem família para as quais possam retornar, os três passam suas férias de verão na escola vazia. Entretanto, um passado negro se esconde no local: o suicídio de Yu, colega de classe deles, três meses antes. Norio culpa Kazuhiko pela morte de Yu pois todos sabiam que Yu era apaixonado por Kazuhiko. O clima piora ainda mais com a chegada de um novo aluno no meio das férias, simplesmente alguém idêntico a Yu. Baseado no mangá de Moto Hagio.