Estamos no final de dezembro e a líder da Brigada SOS, Suzumiya Haruhi anuncia que a brigada participará de uma celebração de natal, na sala do clube. Os membros da Brigada Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina e Itsuki Koizumi começam a preparar os preparativos, porém, alguns dias depois Kyon chega na escola e percebe que Haruhi desapareceu. Não apenas isso, Mikuru afirma nunca ter visto Kyon antes, Koizumi também está desaparecido e Yuki se tornou uma solitária membra do clube de literatura. A Brigada SOS parece nunca ter existido e ninguém na escola jamais ouviu falar em Haruhi Suzumiya, exceto Kyon.