A história se passa dois anos depois da batalha entre Naruto e Sasuke e o longa vai além da trama original já conhecida e marca a conclusão épica do anime. Quando a lua está se aproximando da Terra ameaçando-a com uma chuva de gigantes meteoritos, Naruto e seus amigos, Sakura, Shikamaru, Sai e Hinata, são os únicos capazes de salvar o planeta deste desastre natural. Mas, além disso, Toneri Otsutsuki, um descendente de Kaguya Otsutsuki, volta a assombrar Naruto quando aparece com um exército pronto para atacar.