A série conta a história de um grupo de Autobots (Optimus Prime, Arcee, Bumblebee, Bulkhead, Ratchet e Cliffjumper), que estão refugiados na Terra e, ao mesmo tempo, protegendo nosso planeta dos Decepticons, liderados por Megatron, cujo interesse é extrair todas as reservas de Energon, derrotar os Autobots e destruir a Humanidade. Com poucos humanos demonstrando saber da existência dos Transformers na terra, e durante suas incursões, os Autobots acabam esbarrando com os adolescentes Jack, Miko e Raf. A partir do contato com estes três, Optimus decide incorporá-los na equipe dos Autobots, uma vez que este foi o único jeito de mantê-los a salvo dos Decepticons.