A quinta temporada foi conhecida por não abordar assiduamente os fatos do Antigo Egito e partir para uma época bem mais antiga, há dez mil anos atrás na época de Atlântida e sua civilização. A temporada apresentou os Dragões Lendários, que vieram para ajudar Yugi, Joey e Kaiba a salvar o mundo do retorno de Leviatã. O antagonista, Dartz, defende a volta deste monstro para destruir e recriar este mundo que, segundo ele é dominado pela maldade humana. O lacre de Orichalcos, carta mágica que rouba a alma daquele que perde o duelo para alimentar Leviatã, também revela o mal presente no ser humano. Esta temporada foi forte, marcada por episódios de pressão emocional constante, inclusive com a revelação do lado mal de Yami Yugi (Faraó) devido à utilização do lacre por ele próprio e da perda da alma de Yugi devido à derrota de Yami em um duelo, além de Mai se juntar ao inimigo. A temporada fugiu um pouco das tradições de Yu-Gi-Oh!, mas mesmo assim foi muito apreciada.