Zatoichi tenta acabar com a agitação em sua pequena aldeia natal causada pela rivalidade de gangues na luta pelo poder, ao mesmo tempo o guarda-costas do líder de uma delas é Yojimbo, que atua secretamente no intuito de acabar com os conflitos e descobrir umn segredo guardado pelo líder rival. Será que os dois heróis perceberão a tempo que estão do mesmo lado?