Yumi e Ryou são crianças que foram selecionados para participar em uma missão secreta , serem os pilotos das primeiras unidades de combate Fafner ; a última chance de sobrevivência para a raça humana. O inimigo é cruel, impiedoso e é capaz de ler as mentes dos seres humanos. Portanto, os detalhes desta missão são mantidos em segredo até mesmo de o pessoal envolvido . Os jovens pilotos devem usar toda a sua coragem e fé , a fim de sobreviver e completar sua missão ou o destino da humanidade seria comprometida .