Depois de perseguir o misterioso Kamen Rider Dark Ghost, que apareceu repentinamente, Takeru Tenkuji chega em um estranho vilarejo cheio de figuras históricas. Tentando reunir os 100 Eyecons, o irmão falecido de Alain, Argos, quer criar o Ultimate Eyecon e transformar todos na Terra em fantasmas. Enquanto isso, o pai de Makoto, Daigo Fukami, é visto na vila, e se transformou no Kamen Rider Zero Specter. Daigo é aliado ou inimigo?