Kimi ga Nozomu Eien, que pode ser traduzido como "A Eternidade Com a Qual Você Sonhou", é baseado em um jogo "hentai" de sucesso, e sua história central gira em torno de um grupo de amigos. Hayase Mitsuki é uma bela estudante e a mais brilhante nadadora de sua escola. Independente e com personalidade alegre, Mitsuki sofre fortes cobranças para alcançar o sucesso em todos os momentos, mas não deixa que isto afete o seu humor. Suzumiya Haruka, a melhor amiga de Mitsuki, é uma garota tímida ao extremo que nutre uma paixão oculta pelo amigo Takayuki Narumi, estudante da mesma escola e que nem suspeita destes sentimentos amorosos. Com a ajuda de Mitsuki, a situação entre Suzumiya e Narumi começa a tomar novos rumos e, apesar das dificuldades, um romance sincero começa a amadurecer.
Pequenas escolhas e fatos podem afetar o futuro de forma irreversível e, no caso de Kimi ga Nozomu Eien, elas possuem importância fundamental ao longo de toda a série.