Kaidou Eiri (Arai Atsushi), um novo estudante de transferência na Academia Seiei, é na verdade um agente que trabalha com uma agência secreta antiterrorista conhecida sob o nome de código "Sakura". Seu objetivo ao infiltrar-se na escola é aproximar-se de Shimada Fumikazu (Takahashi Ryuuki), um menino de sua classe cujo irmão mais velho é o principal suspeito em um caso de bombardeio em série. Ele acompanha a verdade por trás dos incidentes com a ajuda de seu "Messias", ou parceiro, Mitsumi Haku (Inoue Masahiro).