No século 24, no planeta Aqua, três meninas - Akari Mizunashi, Alice Carroll e Aika S. Granzchesta - continuam a trabalhar arduamente para alcançar seu objetivo de se tornar Prima Undines: gondoliers de guia profissional. Felizmente, as meninas têm a orientação das três melhores Prima Undines em Neo-Venezia-Alicia Florence, Athena Glory e Akira E. Ferrari - que são conhecidas como "Water Fairies" em homenagem a sua habilidade. Com sua ajuda, os jovens aprendizes treinam e trabalham para superar qualquer situação em que se encontrem.

Aria The Origination segue as dificuldades e as vidas diárias dessas três jovens, que estão fazendo o melhor para melhorar como gondoliers de turnê em Neo-Venezia, uma réplica terraformada de Veneza.
Contém 13 eps.