No Japão feudal, durante a metade do período Xogunato Tokugawa, 2º ano da era Tenmei (1782), um ronin chamado Manji é contratado para matar aqueles que negam a pagar os impostos.

Ao perceber que estava matando inocentes, Manji se rebela contra seu contratante e acaba matando ele e todos os seus 99 guarda-costas.

Bastante ferido, Manji recebe os cuidados de uma monje, que ao lhe dar o "chá de vermes" acaba lhe concedendo também a imortalidade.

Sentindo-se culpado e não podendo morrer, Manji propõe a monja que, se ele matar 1000 criminosos poderia se livrar da imortalidade.

Do outro lado de Edo, estava uma jovem chamada Rin, que, ao ter seus pais assassinados por um dojo rival, vaga pela cidade atrás de um mercenário que possa vingá-los, e acaba conhecendo Manji.