Un joven programador, que usa el apodo "Neo" en internet, ha encontrado repetidamente referencias a "Matrix" en la miesma. Sorprendido por los sueños en que está conectado por cables a una máquina, el misterioso Morpheus se pone en contacto con él y le ofrece la píldora roja, para revelar la verdad, o la píldora azul, para volver a la vida normal y alvidar a sus cuestionamientos.
Neo elije la píldora roja y se encuentras en una nueva realidad donde los humanos y las máquinas han ido a la guerra en el passado. En el mundo actual las máquinas utilizam humanos atrapados en cápsulas por cables como fuente de energia, mientras estos permanecen en la simulación llamada Matrix. La ciudad de Zion siendo el último remanente humano en la Tierra.