A primeira mulher faraó da história. Considerada a maior descoberta no Vale dos Reis do Egito desde o túmulo do faraó Tutankhamon, "Os Segredos da Rainha Perdida do Egito", produzido pelo Discovery, revela em exclusivo as provas arqueológicas e científicas forense que identificam uma múmia de 3 mil anos como sendo a de Hatshepsut, o primeiro e maior faraó feminino do Egito. Mais poderosa que Cleópatra e Nefertiti, Hatshepsut tomou o trono do seu jovem enteado, vestiu-se como homem, e num ato inédito, declarou-se faraó.

Apesar de ter tido reinado próspero e pacífico, exercendo poder por todo o Egito, - assim como Papisa Joana -, sofreu frustradas tentativas de apagar seu legado. Registros foram destruídos, monumentos tombados, até seu cadáver foi removido do túmulo, para que não a encontrassem. Tudo em vão.

O documentário segue uma equipe de peritos forenses e arqueólogos liderada pelo Dr. Zahi Hawass, secretário-geral do Conselho Supremo de Antiguidades do Egito, enquanto utilizam um vasto material para identificar e reconhecer a história da mais notável mulher do Egito Antigo.