Após a Guerra do Pacífico, a primeira ordem dada pelo GHQ (Comandante Supremo das Potências Aliadas) ao Japão foi dissolver a organização ninja. Por conta disso, parece que todos os Ninjas desapareceram, mas eles estão escondidos em diversas organizações ao redor do mundo. Mesmo nos dias de hoje, eles ainda estão ativos secretamente. Atualmente, estima-se que o número de Ninjas seja em torno de 200.000.

Kuro Kumogakure é um membro de baixo escalão da organização ninja NIN. Um dia, enquanto enfrenta o excesso de tempo livre, uma importante missão lhe é dada. Sua missão é investigar os movimentos de uma organização que se esconde no subsolo há mais de 70 anos após a guerra. O nome da organização é Under Ninja. Enquanto isso, Ayaka Noguchi é uma estudante do ensino médio e se envolve na briga. Live-action do mangá ''Under Ninja'' de Hanazawa Kengo.