Mato Kuroi, está na escola secundária, e no primeiro dia, alguém chama sua atenção, sua colega de classe Yomi Takanashi. Mato, é uma garota inocente e ingênua. Já a Yomi, é muito madura. Aparentemente opostas, mas o tempo que passam juntos apenas fortalece uma amizade crescente. Como elas entram em seu segundo ano na escola, elas ficam colocadas em classes separadas, e elas começam a ficar distantes. Mas em algum lugar ao mesmo tempo... Em outro mundo, uma jovem, com um residente 'fogo azul' em seus olhos, 'Black Rock Shooter' enfrenta outra jovem, chamada 'Dead Master', e uma batalha para a morte começa a se revelar.