Dokuro-chan conta a história de Sakura Kusakabe, um estudante do segundo grau que em algum momento do futuro virou pedófilo e ofendeu Deus ao criar a imortalidade. Além disso, as mulheres são afetadas de forma a não envelhecerem mais quando completam doze anos, e Sakura é acusado de criar um "Mundo Pedófilo".
Por esse motivo, Deus envia seus anjos ao passado antes que Sakura faça isso. Dokuro Mitsukai, uma membra de uma ordem anjos assassínos, chamada Rurutie, é enviada para matá-lo. Ela também tem o poder de ressuscitar os mortos. Acreditando que Sakura pode ser redimido, Dokuro sempre traz Sakura de volta a vida após matá-lo de forma impulsiva. Para aumentar a comédia, Sabato, outra assassina da ordem Rurutie que usa seus atributos femininos para completar suas missões é enviada para completar a missão de Dokuro: o assassinato de Sakura.