A história começa quando o colegial Mutou Kazuki é morto ao salvar uma garota de um monstro, mas ele acorda achando que tudo não passou de um pesadelo. No dia seguinte ele leva sua vida normalmente, mas acaba se encrencando por ter perdido sua mochila na noite anterior e fica no colégio até tarde. Durante a noite, ele e sua irmã são atacados pelo mesmo monstro cobra da noite anterior. Enquanto foge, Kazuki recebe uma ligação em seu celular, é Tsumura Tokiko, a garota de seu "sonho", ela explica que o monstro é um Homunculus e que Kazuki realmente foi morto, mas ela o ressuscitou colocando uma Kakugane no lugar do seu coração. Tokiko explica que a Kakugane é um aparato alquimista que quando ativado se transforma em uma arma para lutar contra os Homunculus. Num momento de desespero, Kazuki ativa sua Kakugane e cria sua própria Busou Renkin, que tem a forma de uma lança imensa. Juntamente com Tokiko, Kazuki luta contra os Homunculus e seu criador.