"A Molécula do Espírito" tece uma visão sobre as pesquisas pioneiras do Dr. Rick Strassman com DMT (dimetiltriptamina) com uma abordagem multifacetada a este intrigante alucinógeno encontrado no cérebro humano e em milhares de plantas. Utilizando entrevistas com uma variedade de especialistas para explicar seus pensamentos e experiências com DMT em suas respectivas áreas, e com os relatos dos voluntários da pesquisa de Strassman, o documentário traz à luz os incríveis efeitos deste composto, e teorias de longo alcance sobre o seu papel na consciência humana.

Vários temas abordados incluem possíveis papéis para o DMT endógeno; seu papel nas experiências de quase-morte e de nascimento, nas experiências de abdução alienígena; e semelhanças sinistras com textos proféticos da bíblia que descrevem experiências similares à do DMT. Os especialistas colaboradores oferecem um conjunto abrangente de informações, opiniões e especulações sobre o uso de DMT em populações indígenas, a história e o futuro das pesquisas psicodélicas, e as recentes pesquisas com DMT. Tudo isso, para ajudar a entender a natureza da experiência com DMT, e seu papel na sociedade humana e na evolução.

A sutil combinação de ciência, espiritualidade e filosofia na abordagem do filme lança luz sobre uma série de ideias que podem alterar consideravelmente a forma de o homem entender o universo e se relacionar com ele.