O cenário é um mundo paralelo à Fate/stay night onde o Graal Maior desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Quinta Guerra do Santo Graal teria acontecido, os Yggdmillennia, uma família de magos, declaram abertamente sua separação da Associação dos Mages, e que eles estão na posse do Graal. A Associação despacha cinquenta magi para recuperá-la, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um servo misterioso. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Graal Maior, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.
Na cidade de Trifas, duas facções lutarão pelo controle da relíquia sagrada, cada uma delas possuindo sua própria equipe de sete Servos: a Faca Negra, cujos membros são parte de Yggdmillennia, protegendo o Graal, e a Fação Vermelha cujos membros eram Enviado pela Associação dos Mages, tentando recuperar o Graal. Para um evento dessa escala, o próprio Graal convoca seu próprio Servo, o Santo Governante, para supervisionar o conflito.

Isto marca o início da Grande Guerra do Santo Graal.