Jesse e seus pais adotivos mudam-se para o litoral.
Ele passa a trabalhar num centro de pesquisa e resgate de vida selvagem do qual Randolph agora faz parte.
No primeiro episódio, Jesse descobre que é capaz de falar com os animais.
Isto permite que Willy e os outros personagens animais do programa tenham personalidades plenas e papéis maiores nos episódios.
O principal antagonista da série é um homem chamado Máquina, que busca se vingar de Willy, pois este é responsável por Máquina perder um braço e parte de seu rosto, tornando-o um ciborgue (primeiramente, estava implícito que Willy os arrancara, mas um flashback revelou que Willy causou a destruição de seu submarino, que o arremessou à hélice de um navio).
Ele ainda usa sua antiga identidade de Sr. Stone.
Máquina também criou criaturas oriundas de lixo tóxico que são verdes e viscosas, e não muito brilhantes.
Eles levam a cabo suas instruções de poluir e destruir criaturas vivas e ecossistemas.
Através da série, Máquina sempre aparece com planos e esquemas para destruir Willy e o ecossistema, os quais involvem jogar lixo no oceano e criar armas, tais como uma lula gigante com apreço por orcas, e provocar uma maré vermelha para destruir todas as criaturas vivas.