Anos após sua primeira visita em Tóquio, Mothra retorna para alertar a humanidade que deve retornar MechaGodzilla, juntamente com os ossos de Godzilla, para o mar, pois os mortos não devem ser perturbados. Se não, conseqüências terríveis se seguirão. No entanto, Godzilla retorna mais uma vez e MechaGodzilla é a única defesa japonesa. Agora, um ano depois da luta entre Godzilla e Mechagodzilla, os dois monstros, juntamente com Mothra se enfrentam em uma batalha real conclusiva.