Jhonen Vasquez nasceu e foi criado em San Jose. Ele se graduou no colégio Mout Pleasant em 1992 e foi, por um tempo, estudante de cinema na De Anza College. Mesmo com seu pouco treinamente artístico, Jhonen entrou no mundo das revistas em quadrinhos alternativas, como escritor/criador/desenhista de títulos como "SQUEE!" e "Johnny, The Homicidal Maniac", ambos publicados pela Slave Labor Graphics.