Lápis-de-cor conta a história de Cláudio, um menino pobre de 9 anos que vive sozinho com a mãe e adora desenhar. Seu pai foi embora há alguns anos e Cláudio nutre a ideia de que se um dia fizer um desenho colorido de seu pai ele voltará. Só que Cláudio não tem lápis-de-cor. Quando ele finalmente consegue 3 lápis de cor mágicos, que juntos fazem ”todas as cores do mundo”, sua mãe só deixa ele usar uma cor por dia. A partir daí, cada cor terá uma influência sobre Cláudio, em seu dia e em seu humor, e na fotografia e na arte do filme.