Distribuidor independente, foi um dos fundadores do Cineclube Glauber Rocha, presidente da Federação de Cineclubes do Rio de Janeiro e presidente do Conselho Nacional de Cineclubes. Em 1972, aos 22 anos, liderou a criação da Dinafilmes, primeira distribuidora exclusivamente voltada para o circuito de cineclubes e salas universitárias. Em 1975, a convite de Gustavo Dahl, durante a gestão de Roberto Farias, assumiu a divisão de 16mm da Embrafilme, onde chegou a ocupar o cargo de Superintendente de Comercialização, de 1979 a 1982. Durante os anos 80, associou-se a diversas agências de promoção e propaganda, como a Plus Comunicações e a Marcondes & Barreto, ambas em parceria com o produtor Luiz Carlos Barreto, e a Cinema Brasil (com Jorge Peregrino e Fernando Pimenta), voltada também para a comercialização de filme brasileiros nos mercados interno e externo. Em 1986, voltou a ocupar a superintendência de comercialização da Embrafilme, mas já no ano seguinte desligou-se da estatal para dirigir a distribuidora da Art Films e atuar como produtor delegado dos filmes coproduzidos pela Art. Em 1990, constituiu sociedade com o Grupo Severiano Ribeiro por intermédio do Consórcio Severiano Ribeiro & Marcondes. Em 1997, foi convidado para colaborar na criação da Globo Filmes, onde ficou até 1999. No mesmo ano iniciou um consórcio de distribuição com a Europa Filmes e Art Films; esta última desligou-se da sociedade em 2002, data a partir da qual o consórcio passou a ser chamado de Europa Filmes & M.A. Marcondes e lançou diversos títulos nacionais, como A grande família, o filme (2007), de José Alvarenga, e Ó paí, ó! (2007), de Monique Gardenberg, e internacionais independentes, como O segredo de Brokeback Mountain (2005), de Ang Lee, e O grito (2004), de Takashi Shimizu. Em janeiro de 2008, a parceria com a Europa terminou e Marco Aurélio Marcondes lançou-se em um novo empreendimento no ramo da distribuição independente, em sociedade com Fábio Lima e José Eduardo Ferrão, ambos da Rain Network na época, fundando a MovieMobz, distribuidora de títulos exclusivamente em formato digital e da qual foi sócio e diretor geral para América Latina. A sociedade se desfez, e, em 2009, Fábio Lima e Marco Aurélio permaneceram em parceira lançando a Mobz, mantendo a ideia original de distribuidora que opera exclusivamente em formato digital e conteúdos alternativos em 3D. Em 2010, foi responsável pela coordenação do lançamento do esperado longa Tropa de elite 2, de José Padilha, da produtora Zazen, me parceria com a RioFilme. Em 2011, foi convidado pela Vinny Filmes a assumir a coordenação dos lançamentos da distribuidora.