Frank Black e sua filha Jordan mudam-se para uma pequena cidade na Virgínia, onde Frank se submete a uma avaliação psiquiátrica antes de voltar ao seu trabalho no FBI. Ele assume uma missão para investigar a inexplicável queda de um avião, a qual acredita estar ligada a um misterioso vírus que matou sua esposa. Recebendo a ajuda da agente do FBI Emma Hollis, Frank segue todas as pistas e chega a um grupo de mulheres e suas filhas que vem sendo exterminado por razões desconhecidas. Enquanto isso, Emma tenta descobrir a identidade de uma mulher idosa, com incríveis poderes psíquicos que representam uma série ameaça ao grupo Millennium.