Yukiteru Amano é um aluno de ensino médio que costuma registrar todos os acontecimentos de sua vida, por mais rotineiros que sejam, em um diário no seu telefone celular. Certo dia um de seus amigos imaginários, Deus Ex Machina, surpreende-o mostrando ser real e concedendo a seu diário a capacidade de prever o futuro próximo.

No entanto, logo Yukiteru descobre que há onze outros Portadores de Diários. Todos os doze Portadores são pressionados por Deus Ex Machina a lutar uns contra os outros, até que só reste um sobrevivente, a quem é prometido tomar o lugar do próprio Deus Ex Machina e supostamente adquirir o poder de reescrever o passado, trazendo de volta a vida entes queridos e corrigindo injustiças.